El Archivo Histórico de Coatzacoalcos enfrenta un proceso de depuración, práctica establecida en la archivística para desechar aquellos documentos que ya no tienen valores secundarios.
Dicho proceso se realiza especialmente en los archivos de concentración para evitar que aquellos documentos que no tienen valores históricos, científicos o informativos, pasen a ser resguardados y ocupen espacio que debe ser destinado a aquellos que sí ostentan dichos valores, tal como aparentemente ha pasado en el archivo del puerto veracruzano.